A influência indireta do teor em umidade no solo depende da modificação das relações ar-água. Quer dizer, quanto mais água, tanto menos oxigênio e portanto, condições mais anaeróbias. Esta também é a razão por que o número de microrganismos cresce até um certo limite de umidade e decresce com um aumento de umidade.
Provoca isso, em terras encharcadas, uma decomposição deficiente da matéria orgânica que, por sua vez, provoca a formação de ácidos esterilizantes para os microrganismos. Em presença de micróbios aeróbios não existe a formação de turfa. A turfa se forma sob condições anaeróbias, onde os carboidratos perdem sempre mais H2 e O2 e, por isso ficam, relativamente, muito enriquecidos e, CO. Desta maneira, formam-se turfa, lihita, carvão de pedra, antracito e grafita. Porém, mesmo a grafita pode ser ainda atacada por micróbios. Como nas camadas superiores da terra predominam os micróbios aeróbios e a ventilação destas é importantíssima.
Tanto o processo de nitrificação como o da combustão de substâncias ricas em carboidratos para gás carbônico, necessitam de oxigênio. O oxigênio penetra na terra pela aração por movimentos turbulentos de ar e pela água pluvial. Por meio da atividade dos micróbios, o solo se torna rico em gás carbônico (CO2), mas empobrece em oxigênio. No entanto, se há falta de água, os micróbios se cornificam, sobrevivendo em forma de esporos. No lugar da água entra, agora, oxigênio no sistema poroso da terra e a micro vida começa caso chova novamente. Porém, se os poros do solo permanecerem cheios de água, a respiração do solo termina. Os micróbios morrem e os protozoários reproduzem-se de modo extremamente forte. Sob estas condições anaeróbias, processa-se uma desnitrificação porque os micróbios restantes, por falta de oxigênio, retiram o mesmo de onde o encontram e isso, principalmente dos nitratos. O nitrogênio libertado se perde.
A microfauna necessita, por sua vez, de solos convenientemente úmidos, especialmente os “nadadores” como flagelados, ciliados, que também existem em formas aquáticas. A maioria, porém, evita demasiada umidade embora possa, parcialmente, sobreviver bem às inundações.