A classificação ecológica da microfauna é a única admissível na agricultura. Esta, que diz respeito à sua morfologia, somente permite seu enquadramento em famílias, mas não indica nada sobre as suas propriedades e atividades, que unicamente interessam ao agricultor.
É evidente que a classificação morfológica, que existe na Medicina, Veterinária, e de qualquer maneira também na Fitopatologia, é inaceitável à Ciência do Solo.
O que interessa à Medicina é identificar o microrganismo para saber-se qual o meio de o combater, porque a Medicina somente se ocupa com um microrganismo quando ele se encontra em estado de patógeno ou parasita.
O agrônomo moderno, em particular o cientista do solo, consideram o microrganismo principalmente no seu “estado ecológico”, como decompositor de açúcar, proteína e celulose, ou como organismo heterótrofo ou autótrofo, ou como saprófago, citófago, predatório, etc.
Os homens também podem ser classificados segundo diversos pontos de vista. O antropólogo só quer identificar o indivíduo e classifica-o, por isso, morfologicamente em eslavos, índios, mongóis, germanos, semitas, etc. Ao economista somente interessa a classificação ecológica e divide portanto os homens segundo a sua profissão, sejam médicos, engenheiros, sapateiros, pedreiros, comerciantes, agricultores, operários, etc. Ao militar não interessa nem a morfologia, nem a ecologia, classificando os homens segundo a sua propriedade combativa: artilheiro, marinheiro, aeronauta, etc. Qual destas é a certa?
Na botânica, os cientistas foram obrigados a admitir, há tempo, que a sua classificação morfológica só tem valor científico, servindo para a denominação dos indivíduos. Na prática, porém, o agricultor divide as suas culturas em legumes, verduras, cereais, forrageiras, fibras, tubérculos, etc., sem a mínima consideração à classificação botânica. Não interessa ao agricultor que na rubrica dos legumes estejam solanáceas, leguminosas, malváceas, etc., e ninguém se sente chocado com o fato de a prática dividir as malváceas em fibras, legumes, flores e inço. Desta maneira, o agrônomo moderno classifica os microrganismos ecologicamente em desconsideração ao fato de ter de colocar ascomicetos, basidiomicetos e ficomicetos juntos num grupo de fungos saprófitas. Classifica, entre organismos citófagos, tanto protozoários, como fungos e insetos e divide as amebas em predatórias, citófagas, saprófitas e parasitas.
É evidente que no domínio de microrganismos é mais difícil de aceitar uma ou outra classificação, porque são seres invisíveis cujas atividades e propriedades só pelo técnico podem ser apuradas. Porém, quem já viu um átomo? Mesmo assim, em todas as escolas do mundo aprende-se a física nuclear, porque não é necessário ver quem provoca uma ação, mas sim é necessário verificar a própria ação, que por si mesma, testemunha a existência de um fator ativo.