A biocenose do solo é a ação recíproca entre solo-planta-micro vida. A ciência, que se desenvolveu depois do reconhecimento da importância dos microrganismos, tanto animais quanto vegetais, para a fertilidade do solo, baseia-se nas três matérias fundamentais:
- A microbiologia do solo (que trata da microflora).
- A biologia do solo (que trata da micro e meso fauna).
- A sociologia vegetal (que trata da condição da associação vegetal em um determinado local e as condições de vida das diversas associações vegetais).
A biocenose do solo é diferente segundo as condições reinantes e depende, por conseguinte, deste ser arejado ou anaeróbio (duro), insolado ou sombreado, rico ou pobre em sais nutritivos e humo, úmido, fresco ou seco, cultivado ou com flora natural, com policultura ou monocultura, com pH alto ou baixo, etc.
Para cada variante há uma biocenose adaptada e própria, reagindo esta às mínimas oscilações. Se, por exemplo, não nos agradar uma raça de micróbios, um inço ou um animal da mesofauna, devemos sempre considerar que este surgiu devido a uma adaptação ecológica e é próprio ao ambiente reinante. Este indivíduo indesejável (seja ele uma planta, um inseto ou micróbio) não é combatível com métodos extra-ecológicos, como, por exemplo, pulverizações, esterilizações, etc., porque todos estes somente matam o indivíduo no momento mas não removem as condições ecológicas que o obrigam sempre, de novo, a aparecer.
Com a modificação do ambiente, porém, modificar-se-á a biocenose e o indivíduo, agora desajustado, não encontra mais possibilidade de sobreviver, e desaparece como surgiu.
Esta contínua busca pelo equilíbrio da biocenose – que é uma comunidade dos mais diferentes seres vivos – é o ponto angular da agricultura. Se é bem entendida, não há problema, nem relativo ao rendimento das culturas nem em relação às doenças. Se não é bem compreendida, a agricultura torna-se, pouco a pouco, um assunto desesperador, sendo cada vez mais um jogo de sorte, em completa dependência de fatores inesperados.
Sem a interferência humana, existiria um permanente equilíbrio, que sempre dentro de certos limites, se regeneraria automaticamente. Se o homem destrói o equilíbrio da biocenose natural com suas técnicas, ele tem de contar, logicamente, com todas as consequências como decadência do solo, parasitismo microbiano nas culturas, etc. Se o homem quer modificar essa biocenose natural e substitui-la por uma ordem que lhe convém melhor, assume com isso a responsabilidade de pesquisar e estudar as consequências ecológicas dessa nova ordem para poder restabelecer um equilíbrio, que sendo, porém, artificial, tem de ser permanentemente zelado e cuidado.Se faltar um dos particulares habitantes da terra, não podemos juntá-lo simplesmente, inoculando-o no solo, porque não encontrando condições favoráveis, sempre desaparecerá de novo. Podemos introduzi-lo somente pela modificação das condições vitais no solo. Isso acontece pela rotação de culturas, pela adubação química e orgânica e pela modificação dos métodos de aração.